Als 1275 das Dominikanerkloster in Prenzlau entstand gab es bereits das Franziskanerkloster und das Nonnenkloster des Magdalenenordens. Dies zeigt, dass Prenzlau zu jener Zeit kräftig wuchs und gedeihte. 1308 war der Konvent eines der reichsten Dominikanerklöster in der Uckermark. Jedoch geriet der Ordenssitz wohl nach einem Brand 1519 in wirtschaftliche Bedrängnis.
Das Kloster hat im Gegensatz zu so vielen Prenzlauer Bauten den Krieg unbeschadet überstanden und erscheint im Wesentlichen wie zu Erbauungszeiten. Die Anlage besteht aus einer Klosterkirche mit Klausur. Einem Anbau, der ehemaligen Bibliothek, und einem Wirtschaftsgebäude. Alle Gebäude entstanden in vier Bauphasen zwischen 1275 bis 1500.
Zunächst wurde 1275 die Klosterkirche sowie der Ostflügel des Kreuzganges gebaut. 1343 wurde die Kirche geweiht. Kurz später waren auch Süd- und Westflügel fertig und der Kreuzgang wurde komplett eingewölbt.
Die Klosterkirche wurde ebenso wie die Marienkirche als dreischiffige Hallenkirche ausgeführt und weist schmale Lanzettfenster auf. An das Mittelschiff schließt sich ein langgezogener Chor mit polygonalem Abschluss an.
Während der Reformation wurde das Kloster 1543/1544 säkularisiert und ging in den Besitz der Stadt Prenzlau über. Die Stadt nutzte den Klausurbereich fortan als Armenhaus, Hospital, Gefängnis, Notunterkunft, Stadtkrankenhaus, Internat und Altersheim. Diese unterschiedlichen Nutzungen zogen zahlreiche bauliche Veränderungen nach sich. So stammt z. B. das Obergeschoss in Mansardenform aus dem frühen 19. Jahrhundert.
Die ehemalige Klosterkirche wurde nach der Säkularisation von der Gemeinde der alten St.-Nikolai-Kirche als evangelische Pfarrkirche genutzt und ist auch heute noch eine evangelische Kirche mit Superintendentur.
Heute zählt das Dominikanerkloster zu den besterhaltenden Klosteranlagen des 13.-14. Jahrhunderts im nordostdeutschen Raum. Besonders beeindruckend sind die original vorhandenen Raumstrukturen mit ihren typisch gotischen Schmuckelementen wie Kreuzrippengewölben, motivreichen Schlusssteinen, Maßwerk und reich verzierten Kapitellen und Basen sowie die spätgotischen Wandmalereien im ehemaligen Gästerefektorium.
In seinen Mauern beherbergt das Kloster heute das Kulturhistorische Museum, das Historische Stadtarchiv und die Stadtbibliothek. Neben ständig wechselnden Ausstellungen hat sich der jährlich stattfindende „Kultursommer im Klostergarten“ mit Konzerten, Theateraufführungen und Tanzmatineen etabliert und das Kloster zu einer vielseitigen Kulturstätte gemacht.
