Die St. Marienkirche in Anklam gehört zu den schönsten gotischen Backsteinkirchen in Mecklenburg-Vorpommern. Die Errichtung fand Mitte des 13. Jahrhunderts statt. Von diesem Bau sind Teile der geplanten Doppelturmanlage und des rechteckigen Chorraumes erhalten. 1296 wurde die St. Marienkirche erstmalig urkundlich erwähnt. Zum Ende des 15. Jahrhunderts begann eine Erweiterung des Chores zu einer 3-schiffigen Anlage, einer Erhöhung des Gewölbes im Hauptchor, des Sakristeibaus und der Kapellanbauten am Südschiff. In dieser Gestalt ist die Kirche bis heute erhalten. Seit 1488 wird die St. Marienkirche als Marienkapelle benannt.
1535 erfolgte eine Ordnung der Reformation, so dass es zu einer Besetzung von zwei Pastoren an jeder Kirche kam. Bei einer Belagerung von 1676/77 durch die Brandenburger kam es zu Beschädigungen an der Kirche; eine Wiederherstellung gelang mit Hilfe des Kurfürsten. 1778 und 1849 wurden die Dachreiter mit kleinen Glöckchen auf dem östlichem Dachreiter abgetragen. 1806 war die Kirche Heu- und Strohmagazin der Franzosen. 1814 wurde die neue Orgel eingeweiht, 1816 erfolgte eine Erneuerung der abgebrannten Turmspitze. Zwischen 1849-1852 wurden die Empore und einige Gestühle abgerissen, ein Neubau erfolgte an der Empore, der neuen Orgel (Kaltschmidt – Stettin) von Karl Loewe. 1887 wurde die Turmspitze nach einem Brand um fast 100 m erhöht, zusätzlich erhielt die Kirche neue Glocken. Bei Innenrenovierungsarbeiten wurden 1936 gotische Fresken an Pfeilern und im Gewölbe aus der 2. Hälfte des 14. Jahrhunderts freigelegt.
1943 erlitt die Kirche schwerste Beschädigungen durch Bombenangriffe. Darauf hin wurden wertvolle Gegenstände der Ausstattung in das Schloss Schwerinsburg ausgelagert, die jedoch 1945 durch den Brand des Schlosses vernichtet wurden. 1947 erfolgte die Wiederherstellung des Turms mit Satteldach. Es wurden der Hochaltar mit Kruzifix und Flügeln (aus St. Nikolai), die Apostelglocke (St. Nikolai) sowie zwei neue Glocken eingebaut. 1957 wurde die Kirche wieder eingeweiht, 1962 erfolgte der Wiedereinbau des geretteten Hauptbildes des Hochaltars, der Marienfigur und der Einbau einer neuen Schuke-Orgel (2 Manuale, 30 Register). 1971 erhielt die Orgel ein neues Schuke-Positiv (5 Register, angehängtes Pedal). Seit 1992 wurden Sanierungsarbeiten am Dach, Mauerwerk, Gewölbe, Heizung, Türen, Sakristei, Marienkapelle ausgeführt.