Dem Besucher der Altstadt fällt das zentral gelegene Hafenbecken sofort auf. Es entstand mit der Stadtgründung am Ende des 13. Jahrhunderts und ist neben der St. Petri Kirche das bedeutendste Baudenkmal der Stadt. Sowohl archäologische Befunde als auch Baugrunduntersuchungen in unmittelbarer Umgebung haben gezeigt, dass damals schon für die Anlage des Fleths eine Schwemmsandinsel durchgraben wurde.
Die Flethanlage gilt als der älteste künstlich angelegte Hafen innerhalb einer Stadt Nordeuropas und präsentiert sich noch weitgehend so, wie es vor über 700 Jahren angelegt wurde. Sanierungsarbeiten in den 1980er Jahren haben zwar dazu geführt, dass die Flehte jetzt ein wenig schmaler sind, doch ist ihre Bedeutung für die Geschichte der Stadt und ihre Entwicklung zur wohlhabenden Handelsstadt des Mittelalters und der frühen Neuzeit immer noch erkennbar.
Abhängig von den Gezeiten, von Ebbe und Flut, ist Buxtehude auf dem Wasserweg bis in die Gegenwart nur in den wenigen Stunden um Hochwasser herum über die Este erreichbar: ein natürliches Regulat des Schiffsverkehrs und zugleich ein wirksamer Schutz vor feindlichen Aufmärschen von der Seeseite her. Durch ein Sieltor kann der Wasserstand im Fleth noch heute reguliert werden.
An die Tradition von Schiffbau und Schifffahrt erinnert der restaurierte und seit 1991 im Fleth vor Anker liegende denkmalgeschützte Ewer “Margareta”. Am südlichen Ende des Fleths wurde die Wasserkraft der aufgestauten Este seit 1289 für den Betrieb landesherrlicher Mühlen genutzt. Im 19. Jahrhundert wurde das heute bestehende Gebäude errichtet und die Mühle mit Turbinenantrieb ausgestattet. Erst 1975 hat die Mühle ihre Arbeit eingestellt. 1979 erfolgte der Umbau zu einem Hotel- und Geschäftsgebäude.
