Das Frauenkloster (polnisch: Dawny cystersko-benedyktyński zespół klasztorny) wurde von den Zisterzienserschwestern, die ca. 1266 nach Chełmno gekommen sind, geführt, in den Jahren 1429-1438 von Benediktinerschwestern und ab 1822 bis heute von der Kongregation der Barmherzigen Schwestern vom heiligen Vinzenz von Paul.
Der Klosterkomplex besteht aus dem gotischen Kloster mit der Schatzkammer und dem mittelalterlichen Keller (beide zu besichtigen), dem Mestwin-Turm aus dem 13. Jahrhundert, dem Krankenhausgebäude, dem Klostegarten und der gotischen Kirche St. Johannes des Täufers und St. Johannes des Evangelisten (1290-1330) mit der Krypta der Äbtissin Magdalena Mortęska, Reformatorin der polnischen Benediktinerinnen (zu besichtigen).
Die Kirche hat zwei Stockwerke und ein Sterngewölbe. Im Inneren findet man sehenswerte Wandmalereien aus der Mitte des 14. Jahrhunderts, eine Grabplatte von Arnold Lishoren vom 1275 und ein Kruzifix von ca. 1830, das in eine Skulptur (Christi im Grab) umgewandelt wurde. Zu den schönsten Gegenständen der Renaissance gehören ein Orgelprospekt von 1619 sowie eine Kanzel aus dem Jahr 1597. Interessant sind auch der Barockhauptaltar und die Seitenaltare aus der Wende des 17. und 18. Jahrhunderts.
