Kościół został wzniesiony dla sprowadzonego do Chełmna w 1258 r. zakonu franciszkańskiego, w rękach którego pozostawał aż do kasaty zakonu w 1806 roku. W latach 1822 – 1828 kościół przekazano Zgromadzeniu Sióstr Miłosierdzia, zaś od 1859 roku użytkowany był jako kościół gimnazjalny. Około 1859 roku wnętrze zostało odrestaurowane w stylu neogotyckim.
Budowa kościoła trwała od XIII do XIV wieku; wtedy to nadano mu ostateczny kształt pseudobazyliki. Budynki klasztorne znajdujące się po północnej stronie kościoła zostały rozebrane w I poł. XIX wieku.
Kościół składa się z dwóch głównych części: trójnawowego korpusu (o długości 28 m) i prosto zamkniętego prezbiterium (o długości 24 m).
Sklepienie prezbiterium jest krzyżowo – żebrowe, zaś sklepienie korpusu – gwiaździste. Bogate niegdyś wyposażenie wnętrza zostało przeniesione do innych kościołów. W skład obecnego neogotyckiego wystroju kościoła wchodzą: ołtarz, chór i ambona.
W grudniu 2006 r. podczas prowadzonych w prezbiterium
prac konserwatorskich odkryto tu bardzo cenne średniowieczne
polichromie.
Tekst:
Elżbieta Pawelec, Urząd Miasta Chełmna