In der Gründungszeit der Stadt um 1230 wurde die Marienkirche im spätromanischen Stil als dreischiffige Hallenkirche ohne Turm ausgeführt. Im Westbereich der heutigen Kirche sind noch Teile dieses ersten Baus erhalten geblieben: Ecklisenen, ein Rundbogenfries und paarweise angeordnete Lanzettfenster. Der erste Bau hatte auf der Nordseite des Chores noch zwei Kapellen und das Hauptschiff kreuzte ein Querschiff. Alle Anbauten am Längskörper der Kirche wurden jedoch bis 1803 entfernt.
Im 14. Jahrhundert wurde der Bau im Osten um zwei Joche erweitert und im Norden und Süden mit je einem abgetreppten Spitzbogenportal versehen. Nach einem Brand 1455 kam es zu einer umfassenden Erneuerung des Gebäudes, der Errichtung des Chorjoches mit fünfseitigem Schluss und eines massigen Turmes mit spitzem Helm.
Der Turm soll 100 Meter hoch gewesen sein und mit Kupfer gedeckt. Er diente den Seefahrern als Orientierungspunkt zur Navigation und war weit bis auf die Ostsee hinaus zu sehen.
Der große Stadtbrand von 1759 zerstörte die hohe Turmbekrönung, Gewölbe und mittelalterliche Inneneinrichtung der Kirche vollständig. Unter Leitung des Ludwigsluster Hofbaumeisters Johann Joachim Busch kam es zu einer barocken Umgestaltung des Turmdaches und des Kircheninneren.
Das Mittelschiff erhielt als Decke eine hölzerne Halbkreistonne auf ausgemauerten Fachwerkstützen. Busch plante einen Kanzelaltar. 1776 wurde die Kanzel jedoch an die Nordseite des Hauptschiffes verlegt. Stattdessen wurde anstelle der Kanzel ein Gemälde Gemälde des Ludwigsluster Hofmalers J. H. Suhrlandt auf den Altar gesetzt. Dieses Bild ist eine Kopie der „Grablegung Christi“ von Annibale Carraci.
Am Außenbau verzichtet man aus Kostengründen auf den Wiederaufbau der nördlichen und südlichen Seitenkapellen und trug sie ab. 1841/43 wurde der barocke Turmhelm durch das Aufsetzen einer Laterne erhöht, die eine Besichtigungsplattform bietet.
In den 1970er Jahren war die Kirche durch starke Bauschäden sehr gefährdet und verlor einen Großteil ihrer Inneneinrichtung. Die 1883 durch Friese in Schwerin erbaute Orgel ging verloren. Nach 1980 wurde die Kirche saniert, der Innenraum erneut umgestaltet und eine Winterkirche eingebaut. 1994 erhält die Kirche eine neue Orgel von der Orgelwerkstatt Jähmlich in Dresden. Seit 2006 hängt im Turm wieder das vollständige Geläut aus vier Bronzeglocken.
