St. Nikolai kann als die älteste der drei mittelalterlichen Pfarrkirchen Stralsunds betrachtet werden.
Als dreischiffige Basilika mit Chorumgang erbaut, besitzt sie eine Gesamtlänge von 87 m.
Der Bau wird erstmals im Jahr 1276 im Stadtbuch erwähnt. Der mächtige Doppelturm entstand jedoch erst im 14. Jahrhundert.
Die Helme, die einst die Türme zierten, fielen 1662 einem verheerenden Brand zum Opfer. Während heute noch eine Barockhaube den Südturm schmückt, behielt der Nordturm sein flaches Dach. In den nachfolgenden Jahrhunderten wurden das Kupferdach und Teile des Mauerwerks ersetzt.
Seit 1980 laufen Restaurierungsarbeiten am gesamten Bauwerk, um den ursprünglichen mittelalterlichen Zustand wieder herzustellen.
Das Kircheninnere fasziniert durch seine reiche und farbenprächtige Ausstattung aus den verschiedensten Jahrhunderten. Von einst 56 Altären sind einige noch immer erhalten unter anderem der gotische Hochaltar, der barocke Trennaltar und die Kanzel aus dem Jahr 1611.
Der Altar der Bergenfahrer, das Ahusische Gestühl und das der Nowgorodfahrer legen Zeugnis vom schwunghaften Seeschiffhandel zu Zeiten der Hanse ab.
