Im Jahre 1240 kamen westfälische Franziskaner nach Szczecin, für diese stiftete Herzog Barnim I. ein Kloster und eine Kirche, die anfänglich aus Holz gebaut waren. Die St.-Johannes-Evangelist-Kirche (polnisch: Kościół św. Jana Ewangelisty) wurde für das Franziskanerkloster zu Beginn des 14. Jahrhunderts errichtet.
In der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts wurden die klösterlichen Gemäuer zum Johannes-Krankenhaus umgebaut. Die Kirche diente weiterhin als protestantisches Gotteshaus. Während der Napoleonischen Kriege wurde sie dann in ein Lebensmittellager umgewandelt.
Dank der Bemühungen des Denkmalpflegers und Historikers Prof. Hugo Lemcke wurde sie in den Jahren 1929/30 durch eine Renovierung vor dem weiteren Verfall bewahrt.
Im Inneren blieben aus der Zeit des Kirchenbaus eine gotische Grabplatte aus dem Jahre 1378 und die einzigen, noch in Szczecin befindlichen mittelalterliche Wandmalerei aus dem 15. Jahrhundert erhalten. In der Südkapelle kann man die Vorstellung der mystischen Vermählung der heiligen Katharina aus dem zweiten Viertel des 15. Jahrhunderts betrachten.
Gegenwärtig wird die Kirche vom Pallottiner-Orden verwaltet.
