Herzogin Agnes von Landsberg, eine Schwiegertochter Heinrichs des Löwen, stiftete das Kloster Isenhagen im Jahr 1243. An seinem jetzigen Standort wurde das Zisterzienserkloster von 1345 bis 1350 erbaut, nachdem es zuvor in Alt-Isenhagen und nachfolgend in der Ortsmitte von Hankensbüttel ansässig war. Heute gehört das seit Einführung der Reformation 1540 evangelische Kloster Isenhagen zur Gemeinde Hankensbüttel im Landkreis Gifhorn.
Wer das Klostertor passiert, befindet sich auf einem Wirtschaftshof. Zwischen dem früheren Refektorium und dem Gästehaus führt eine barocke Freitreppe zum Portal empor.
Dahinter öffnet sich eine Halle, die den Blick in die Gänge freigibt, die den quadratischen Innenhof umschließen. Der gotische Backsteinbau erfuhr zu Beginn des 18. Jahrhunderts eine Veränderung, indem der Süd- und Westflügel des Klosters abgerissen und von 1723 bis 1726 ein Wiederaufbau in barockem Fachwerkstil erfolgte. Vom Innenhof aus sind beide Baustile gut erkennbar.
Vom mittelalterlichen Nordkreuzgang aus betritt man die einschiffige gotische Backsteinkirche, die im Osten mit fünf Seiten eines Achtecks schließt. Von der mittelalterlichen Ausstattung blieb allein der Hauptaltar erhalten. Den Westteil der Kirche nimmt die weite Nonnenempore ein, die bis heute das Chorgestühl aus der Bauzeit des Klosters und ein beeindruckender Marienaltar schmücken. Unter der Nonnenempore befindet sich seit 1689 eine Totenkapelle mit volkstümlichen Wandmalereien als Zeugnissen spätmittelalterlicher Frömmigkeit.
An die Kirche schließt sich im Osten eine kleine Kapelle an, die in der Reformationszeit verbrannt und zum Teil abgerissen war und deren Fundamente unter Gartenerde versteckt lagen. Erst 1961 wurde diese Kapelle wiederentdeckt und von 1963-1964 entstand sie dank großzügiger Spenden neu.
Über dem im Ostflügel befindlichen Kapitelsaal liegt das Dormitorium. Hier, in der Dunkelheit der hölzernen Gänge, spürt man noch am ehesten die Enge einer mittelalterlichen Klausur. Durch Spundwände wurden im späten Mittelalter die Schlafsäle in einzelne Zellen unterteilt.
Zum Kloster Isenhagen gehört auch ein 2,5 Morgen großer Klostergarten, der sich heute nach einer Umgestaltung in den Jahren 2003/04 entsprechend seiner ursprünglichen Konzeption aus dem Jahr 1750 als Obst-, Gemüse- und Blumengarten barocker Struktur präsentiert.
Als evangelisches Frauenkloster wird das Kloster Isenhagen bis heute von Konventualinnen bewohnt, denen eine Äbtissin vorsteht. Deshalb kann das Kloster nur im Rahmen einer Führung besichtigt werden. Die Besichtigung des Museums ist im Anschluss an eine Führung möglich.
