Die Nikolaikirche wurde 1280 zu Ehren des Heiligen Nikolaus, Schutzpatron der Seefahrer, Fischer und Handelsleute errichtet. Der Kirchenturm war Lotsenzeichen und weit über das Haff zu sehen. Die Kirche diente schon immer als Wahrzeichen der Stadt Anklam, Symbol der Freiheit und des Wohlstandes der hanseatischen Bürger. 1336 stiftete ein Anklamer Bürger,Thedericus Nordow, einen herrlichen Altar. Die Fertigstellung der Kirche erfolgte vermutlich um 1500 nach dem Einbau des Chorgestühls. 1568 wurden größere Bauarbeiten durch Lorenz Bole zum Abschluss gebracht. 1574 wurde der Kirchturm durch einen Blitzschlag beschädigt. Nach einem erneuten Wetterschaden im Jahre 1586 wurde das Dach mit Kupferplatten neu eingedeckt. 1606 wurde für die Böttcher und andere Innungen das Gestühl errichtet. 1696-1700 erfolgte die Beendigung der Bau- und Reparaturarbeiten. 1733 wurde die durch einen Sturm 1703 verbogene Turmspitze gerichtet. Nach weiteren Wetterschäden erhielt die Kirche 1802 einen Blitzableiter.
Seit Dezember 1806 wurde die Kirche durch die Franzosen als Sattlerwerkstatt benutzt. Am 10. Januar 1807 fand die Weihe der neuen Orgel von Buchholtz/Berlin statt. Nachdem durch einen Blitzschlag 1816 der Kaiserstuhl abbrannte, wurde 1817 die Turmspitze wiederhergestellt. 1850 erfolgte die Errichtung eines Orgelchores nach einer Zeichnung des königlichen Bauführers Märtens. Der Einbau der Orgel erfolgte von Kaltschmidt/Stettin. 1851 wurde diese Orgel durch den Bischof D. Ritschl geweiht. Nachdem 1868 die eingeschossigen Kapellen entfernt wurden, entstanden 1873 bauliche Veränderungen durch Bauinspektor Butterkirch an der Orgelempore. Die Kirche erhielt Fensterrippen, Gesimsteile und neues Gestühl. 1906 wurden farbige bleiverglaste Chorfenster, neue Orgel, Wandanstriche, neues Gestühl und Einbauten eingesetzt. Am 23. April 1909 wurde die renovierte Kirche eingeweiht.
Im 2. Weltkrieg wurde die Kirche bis auf die Umfassungsmauern zerstört, wodurch der vollständige Zerfall drohte. 1994 wurde ein Förderkreis zum Erhalt der Kirche gegründet. Ab 1995 erhielt die Nikolaikirche eine Notüberdachung, als dann eine schrittweise Nutzbarmachung. Seit 1999 wurde die Kirche für die Öffentlichkeit wieder zugänglich gemacht.
Der Wiederaufbau der Nikolaikirche als „Ikareum“ ist ein beachtenswertes Bauprojekt der Hansestadt Anklam. Demgemäß soll die einstige Taufkirche Otto Lilienthals ein Besucherzentrum werden, in dem die Idee des Menschenflugs erlebbar wird.
