Die Bedeutung des Zisterzienserklosters Doberan schlug sich insbesondere im Bau und der Ausstattung der 1368 geweihten Klosterkirche (Münster) nieder. Die Kirche gilt als das beste Beispiel für die Umsetzung mittelalterlichen Gestaltungswillens in Backstein. Zisterziensische Einfachheit und Strenge verbinden sich mit zeitgenössischen progressiven Baulösungen zu einem Bauwerk von höchster technischer und gestalterischer Perfektion.
In seiner heutigen Gestalt ist das Münster ein Nachfolgebau der um die Gründungszeit begonnenen, 1232 geweihten ersten Kirche. Es wurde in erstaunlich kurzer Zeit ab ca. 1280 bis 1296 als Rohbau errichtet und bis zur Schlussweihe 1368 als turmlose Backsteinbasilika vervollständigt. Nach der Säkularisierung im Zuge der Reformation 1552 wurde das Münster die Kirche der kleinen Handwerker-Siedlung, blieb aber als Grablege der landesherrlichen Familie weiterhin intakt und so von Zerstörungen und nachteiligen baulichen Veränderungen verschont. Wichtig für den Bauerhalt waren mehrere Restaurierungen im 19. Jahrhundert, von denen die nach Plänen von Gotthilf Ludwig Möckel, der auch andernorts in Bad Doberan tätig war, in den Jahren 1880 bis 1900 die umfassendste und eingreifendste war. Seit dem 2. Weltkrieges laufen immer wieder umfassende Sicherungs- und Restaurierungsmaßnahmen.
Das Münster ist eine dreischiffige, kreuzrippengewölbte Basilika von neun Joch Länge mit einem 5/8 Binnen-Chorschluss und umlaufenden, mit fünf Kapellen besetztem Chorumgang und zweischiffigem Querhaus. Der Außenbau wird entsprechend der Regeln der Zisterzienser durch schlichte Formen geprägt. Die Giebel im Westen und die Querschiffe sind allerdings reich mit Blendrosetten geschmückt.
Das Innere besticht durch seinen in edlen Formen gehaltenen dreiteiligen Aufriss, der aus der Arkadenzone, einem gemalten Blendtriforium und dem Obergaden gebildet wird und in dieser Gestalt durch die gesamte Bauzeit eingehalten wurde. Die von Kriegswirren und Bilderstürmen weitgehend verschonte Innenausstattung, ist die reichste mittelalterliche Ausstattung aller Zisterzienserklosterkirchen europaweit. Bemerkenswert sind: der Hochaltar (um 1310), der monumentale Lettner-Kreuzaltar (um 1360), der Kelchschrank (um 1310), der Mühlenaltar (um 1420), der Leuchter mit spätromanischer Marienfigur (ab 1280), das Chorgestühl der Mönche (ab 1300) und die Grabplastik der dänischen Königin Margarethe Sambiria (um 1285).
Der Hochaltar ist vermutlich der älteste Flügelaltar in Deutschland und der Kunstgeschichte überhaupt. Er wurde um 1310 von unbekannten Meistern geschaffen. Aus dieser Zeit stammen die obere Reihe und mittlere Reihe. Oben stehen die Geschichten aus dem Neuen Testament in typologischer Beziehung zu denen des Alten Testaments in mittleren Reihe. Um das Jahr 1350 wurde der Altar durch die untere Reihe, die Apostelreihe mit den Mitpatronen St. Sebastian und Papst Fabian erweitert. In der Mittelnische stand bis um 1400 die Leuchtermadonna. Die Holzfigur wurde damals vermutlich durch eine große Monstranz ersetzt und durch weitere Heiligenbilder im Mittelteil ergänzt.
Neben täglich stattfindenden Münsterführungen werden seit 2001 interessante Sonderführungen angeboten. Ein Konzertbesuch in dem hochgotischen Kathedralbau ist ein ganz besonderes Erlebnis.
Neben dem Münster blieben von den mittelalterlichen Klostergebäuden das Beinhaus, die Backhausmühle („Wirtschaftsgebäude“), das Kornhaus, Bauteile der Vogtei vermutlich im sogenannten „Hengstenstall“, die Klostermauer mit Resten der Toranlagen, die Ruine „Wollscheune“ (auch als Wolfsscheune bezeichnet) sowie ein Mauerrest des östlichen Kreuzgangflügels erhalten.
Nur einen Steinwurf vom Münster entfernt befindet sich am Westtor des Klosterareals die im neogotischen Stil Ende des 19. Jahrhunderts erbaute Villa des Baumeisters Gotthilf Ludwig Möckel, unter dessen Leitung das Doberaner Münster restauriert wurde. Der Backsteinbau beherbergt heute das Stadt- und Bädermuseum, das neben einer Ausstellung zur Stadtgeschichte auch wechselnde Sonderausstellungen präsentiert und als Standesamt genutzt wird.
Weitere Zeugnisse der Backsteingotik finden sich nicht nur auf dem ehemaligen Klosterareal, sondern auch in Form kleiner Kapellen in den Ortsteilen Althof sowie Heiligendamm, hier in neogotischer Form nach Plänen G. L. Möckels.
