An der Stelle des heutigen Domes St. Peter und Paul stand im 10. Jahrhundert die Brandenburg, die Hauptburg der slawischen Heveller. Sie wurde 928/929 durch König Heinrich I. erobert. König Otto I. gründete hier wahrscheinlich 948 das erste Missionsbistum östlich der Elbe, das 983 im großen Slawenaufstand wieder verloren ging.
Nach der endgültigen Eroberung der Brandenburg im Jahre 1157 wurde 1165 der Grundstein für den romanischen Dom gelegt, der in seinem Bestand weitgehend erhalten ist. Ostbau und Chor waren 1173 wahrscheinlich nutzbar, das dreischiffige flachgedeckte Langhaus war bis 1200 fertiggestellt, eine Doppelturmfassade begonnen worden. Die bis 1200 nachträglich unter Chor und Vierung eingebaute Krypta wurde um 1220 über reichen, importierten Werksteinsäulen neu gewölbt, bis 1235 hat man die „Bunte Kapelle“ hinzugefügt.
Um 1295 begann der hochgotische Ausbau, der die Umgestaltung zur Hallenkirche vorsah. Auch das in der Mark einzigartige kathedralgotische Westbauprojekt mit figürlich geschmücktem Westportal blieb unvollendet. Erst mit Erhöhung und Einwölbung von Langhaus und Ostbau vollendete man ab 1426 bis etwa 1460 die gotische Umgestaltung.
Die Fundamente des Domes liegen zum Teil in den zugeschütteten Burggräben, was zu schweren Bauschäden führte. Die neugotische Restaurierung erfolgte 1833-36 am Außenbau, im Innern 1848-50. Weitere Gründungssicherungen erfolgten in den 60er Jahren. Doch nur mit Hilfe des Fördervereins „Dom zu Brandenburg“ konnte so viele Spendengelder gesammelt werden, dass der Dom mit modernster Technik und neusten Methoden gesichert werden konnte.
In der dreiflügeligen Klausur an der Nordseite des Domes lebten die Domstiftsherren nach den Regeln des Prämonstratenser-Ordens in mönchischer Gemeinschaft. Die „Spiegelburg“, der älteste erhaltene Teil, ist kurz nach der Grundsteinlegung des Domes im Jahre 1165 errichtet worden und hat vermutlich als Bischofspalast gedient. Von weiteren Klausurgebäuden dieser Zeit sind nur geringe Reste erhalten.
Der Bau an der heutigen Klausur begann um 1220/30 mit dem Ostflügel und den südlichen Jochen des Kreuzgangs. Wenige Jahre später war auch das Erdgeschoss des Nordflügels fertig gestellt. In mehreren Bauphasen erhielt die Klausur ihr heutiges Aussehen. Kurz nach der Mitte des 15. Jh. entstand im Obergeschoss des nördlichen Kreuzganges die Stiftsbibliothek. Ihre reiche Ausmalung hat der Humanist Hartman Schedel in seinen Aufzeichnungen überliefert, eindrucksvolle Reste dieser Wandmalerei wurden jüngst restauratorisch freigelegt.
Mit der Aufhebung des gemeinsamen Lebens 1507 verlor die Klausur ihre ursprüngliche Funktion. Die 1705 gegründete Ritterakademie nutzte bis zum Ende des 2. Weltkriegs die Klausur als Schul- und Wohnräume. 1869/70 ersetzte man den Westflügel durch das repräsentative neugotische Schulgebäude. Hier war zwischen 1945 und 1975 die Theodor-Neubauer-Oberschule untergebracht. Mit der evangelischen Grundschule, die 2001 ihren Lehrbetrieb aufgenommen hat, wird an die lange Bildungstradition am Dom zu Brandenburg angeknüpft.
