Der langgestreckte Saalchor der Kirche des Pauliklosters war vermutlich bereits fertiggestellt und als freistehende Kapelle nutzbar, als der Markgraf die Dominikaner 1286 in die Neustadt berief. Er schenkte ihnen dazu den markgräflichen Hof am Rande der Neustadt. Grabungen haben gezeigt, dass die Klosterkirche ursprünglich als Saalkirche geplant war. Doch bis zur Überlassung weiteren Grundes 1311 durch die Stadt war das östlichste Joch einer dreischiffigen Halle ausgeführt. Westlich dieser Baunaht war die Halle bis etwa 1330/40 vollendet und gewölbt. Aus dieser Zeit hat sich das figürliche Chorscheitelfenster erhalten. Der Chorseitenturm wurde 1469 angefügt.
Die Klausur des St. Pauli-Klosters gehört zu den besterhaltenen eines Bettelordens in Norddeutschland. Anscheinend einheitlich geplant, wurde sie doch in mehreren Abschnitten ausgeführt, wobei ein Bau des 1286 geschenkten markgräflichen Hofes zunächst stehen blieb.
Der von Anfang an zweigeschossige Ostflügel, länger und breiter als die jüngeren Flügel, enthielt als Konventshaus bereits alle notwendigen Funktionen: Kapitelsaal und Refektorium, darunter einen Keller, darüber das Dormitorium. Vermutlich vor 1384 war die Klausur mit Vollendung des Südflügels geschlossen. Der Kreuzgang wurde schrittweise zweigeschossig ausgebaut. 1469 kam der Chorturm, 1497 westlich vor der Kirche die Marienkapelle mit „Liberey“ (Bibliothek) im Obergeschoss hinzu.
Nach der Reformation gelangte das Kloster in den Besitz der Stadt, die hier ein Spital und Pfründnerhaus betrieb. Die Kirche diente ab 1560 als evangelische Pfarrkirche. 1733 erfolgte ein Innenausbau der Kirche mit Emporen. 1868-70 wurde sie unter der Leitung von Ferdinand von Quasts purifizierend restauriert. Kloster und Kirche brannten während des 2. Weltkriegs aus. Seit 2008 ist das Paulikloster wieder für die Öffentlichkeit nutzbar. Es beherbergt das Archäologische Landesmuseum. Die Kirche des Klosters dient als Veranstaltungsort.
