St. Marien ist eine dreischiffige, chorlose, gotische Stufenhalle aus Backstein. Sie wurde in zwei Abschnitten an Stelle eines frühgotischen Vorgängerbaus errichtet. Der Westturm ist allerdings neugotisch und das Mansarddach barock. St. Marien war die Pfarrkirche der zwischen 1160 und 1180 gegründeten Handelssiedlung am Westufer des Fördewinkels.
Um 1284, im Jahre der Stadtgründung Flensburgs, entstand der erste Bauabschnitt, er umfasste eine kurze Halle, bestehend aus drei Jochen. 1445 wurde diese Halle um zwei Joche von größerer Höhe und Tiefe verlängert und nach Osten gerade abgeschlossen. 1780 kam ein barockes Mansarddach dazu. Aus diesem Umbau stammt auch das mit Volutengiebel geschmückte Südervorhaus.
1878-80 wurde nach der Planung von Johannes Otzen der barocke Westturm von 1730 durch einen neugotischen Turm ersetzt. Der Turmbau zählt zu den frühen Werken der Hannoverschen Neugotik nach dem Anschluss Flensburgs an Preußen bzw. das Deutsche Reich. Als Rest des 1589 neugestalteten Westgiebels der Kirche wurde die Mondsichelmadonna, eine Sandsteinfigur von Heinrich Ringering, in den Turmbau einbezogen. Die neugotische Sakristei an der Nordseite ist von 1900/01.
Die Ausstattung des Kircheninnenraums besticht durch die Qualität ihrer künstlerischen Ausstattung. Sie zeugt damit insbesondere vom Reichtum der Seehandelsstadt Flensburg, deren Bedeutung im 16. Jahrhundert im damaligen Einflussbereich der dänischen Krone größer war als die Kopenhagens. Eine Besonderheit sind die qualitätvollen Kirchenfenster der in Flensburg sehr populären Künstlerin Käte Lassen, die zwischen 1947 und 1956 entstanden.
Einen besonderen Ruf genießt St. Marien aufgrund der reichen kirchenmusikalischen Tradition. Der hier seit 1906 beheimatete Bach-Chor ist einer der bedeutendsten Chöre Norddeutschlands.
