Der Bau der Kirche des ehemaligen Franziskanerklosters begann um 1270. Im Jahr 1301 wurde die Kirche geweiht. Ein weitreichender spätgotischer Umbau zur dreischiffigen Hallenkirche mit hohem Satteldach unter Leitung von Baumeister Andreas Lange erfolgte 1516-25. Das Dach gilt als Meisterleistung einer spätmittelalterlichen Dachkonstruktion.
Nach der Reformation war die Kirche lange Zeit das Gotteshaus der Unterstadt und wurde im 18. Jahrhundert als Garnisonskirche genutzt. Aus dieser Zeit stammt auch die Unterkonstruktion eines geplanten Turmes, der jedoch nie errichtet wurde. 1811 war das Gebäude Pfarrkirche für die Lebuser Vorstadt und die Dammvorstadt (heute: Słubice). Nach 1945 wurde die Kirche, die nur geringe Kriegsschäden aufwies, nur noch selten für Gottesdienste genutzt.
Nach einem Vertrag zwischen Kirche und Stadt von 1966 wurde das Gebäude unter denkmalpflegerischen Gesichtspunkten zur Konzerthalle umgebaut. Bereits ein Jahr später erfolgte die erste Veranstaltung anlässlich der 2. Frankfurter Festtage der Musik.
In mehreren Etappen 1969/70 und 1978 wurden weitere Instandsetzungsmaßnahmen durchgeführt. Die Konzerthalle erhielt 1970 den Namen Carl Philipp Emanuel Bachs, der 1734-38 in Frankfurt (Oder) studiert hatte. 1975 erfolgte der Einbau einer Orgel durch die Frankfurter Firma Sauer, 1988 der Anbau eines Funktionsgebäudes für die Konzerthalle und das Frankfurter Orchester. 2003 wurde ein neuer Dachreiter aufgesetzt. Der alte war bereits 1735/36 nach einem Brand im Zuge von Sanierungsarbeiten unter Leitung von Bauinspektor Christoph Gottlieb Hartmann abgerissen worden.
In dem ab 1720 auch als Garnisonskirche genutzten Gotteshaus ist Heinrich von Kleist 1777 getauft und 1792 konfirmiert worden.
