Der Kunsthistoriker Georg Dehio bezeichnete einst die Frankfurter Marienkirche als der „räumlich bedeutendste Bau der Mark Brandenburg“. Sie war die Stadtpfarrkirche und nach der Gründung der Viadrina Universität auch Universitätskirche. Ihr Baubeginn ging mit der Verleihung des Stadtrechts 1253 einher. Bauhistorische Untersuchungen lassen jedoch auch einen bisher umstrittenen früheren Baubeginn vermuten.
Es entstand eine dreischiffige Halle mit Westriegel und Querhaus. In verschiedenen Bauphasen erfolgte bis zur Mitte des 16. Jahrhunderts eine Erweiterung zu einer fünfschiffigen Hallenkirche mit Doppelturmanlage, Querschiff, Hallenumgangschor und Anbauten an der Süd- und Nordseite.
Der Umgangschor aus den Jahren um 1367 ist einer der frühesten in der Mark Brandenburg. Aus der gleichen Zeit stammt der Anbau einer mit reichem figürlichen Sandsteinschmuck versehenen polygonalen Halle an der Nordseite, die auch als Nordkapelle oder Kaiserpforte bezeichnet wird.
Nach dem Teileinsturz des südlichen Turmes erfolgten nach 1826 und in den zwanziger Jahren des 20. Jahrhunderts umfangreiche Instandsetzungsarbeiten. 1945 kam es infolge von Brandlegungen zu großen Zerstörungen der Marienkirche, wie auch fast in der gesamten Frankfurter Altstadt. In den Folgejahren wurde die Kirche trotz Notsicherungen nach dem Einsturz weiterer Gewölbe völlig ruinös. 1974 verpachtete die evangelische Kirchengemeinde St. Marien an die Stadt. Ab 1980 erfolgten nach einer langfristigen Konzeption schrittweise Sicherungsarbeiten und erste Instandhaltungen, die nach 1990 in großem Umfang weitergeführt worden sind und zur Wiederherstellung der Kirche und der Dächer führten.
Die Restaurierung und der Einbau der aus Russland zurückgeführten mittelalterlichen Bleiverglasungen, die so genannte farbige „gläserne Bilderbibel“, sowie die Wiedereinwölbung des Chores bildeten einen vorläufigen Abschluss der Instandsetzungsarbeiten. Genutzt wird St. Marien zur Zeit als Sozio-Kulturelles Zentrum der Stadt.
Ein bedeutendes Kunstwerk in der Kirche ist die „Gläserne Bilderbibel“ aus dem 14. Jahrhundert. Die um 1367 entstandenen farbigen Bleiverglasungen in den Chorscheitelfenstern stellen die Christusgeschichte, die Erschaffung der Welt und die Legende vom Antichrist dar. Weitere mittelalterliche Bleiglasfenster, die die Legende vom Antichrist darstellen, sind nicht bekannt. Die farbige Verglasung ging 1945 als Beutekunst nach Russland und wurde erst 2002 bis 2008 zurück geführt.
Weitere Kunstschätze der ehemals reichen Ausstattung der Marienkirche befinden sich heute in der St.-Gertraud-Kirche: Hochaltar (1489), Bronzetaufe (1376), Siebenflammiger Bronzekandelaber (14. Jh.).
