Die Heilig-Geist-Kirche wird als Hospitalstiftung erstmalig 1308 erwähnt. Der vorhandene Bau wurde 1313 begonnen. Das zweigeschossige Gebäude ist im Stil der gotischen Backsteinarchitektur als erstes städtisches Krankenhaus und Pflegeheim erbaut worden. Ab 1524 ist die Nutzung des Hauses als Kirche bekannt, in der 1525 der erste Lutherische Gottesdienst in Güstrow gefeiert wurde. Von 1824 bis 1945 wurde sie als Kirche für das Landarbeitshaus im Güstrower Schloss genutzt. Bis 1973 war die Kapelle Gotteshaus für die Güstrower Gemeinde, danach wurde sie wegen Baufälligkeit als Baudepot genutzt.
1991 bis 1993 wurden Sicherungsmaßnahmen erforderlich, da sich der Giebel des Gebäudes mehr und mehr zur Straße neigte. Nach umfangreichen Sanierungsmaßnahmen in den Jahren 2005 bis 2007 öffnete im Dezember 2007 im Bau das Norddeutsche Krippenmuseum seine Pforten. Es beherbergt die umfangreiche Sammlung von Weihnachtskrippen aus aller Welt, Eigentümer der Kirche ist die Weihnachtskrippen in Heilig Geist – Mechthild und Dr. Rudolf Ringguth-Stiftung.
Erwähnenswert sind die barocke Bohlendielendecke mit illusionistischer Kassettierung sowie Reste eines gotischen Randfrieses, die wie Fragmente einer Kreuzigungsdarstellung in Secco-Technik im Altarraum und eine symbolische Heilig-Grabanlage bei der letzten Renovierung in den Jahren 2006/2007 freigelegt wurden. Der Bau besitzt eine für städtische Hospitalbauten außergewöhnliche Qualität. Mit ihrer ehemals zweigeschossigen Struktur folgt Heilig-Geist der architektonischen Idealform von Konventshäusern.
An der nördlichen Westwand befand sich eine ehemals flach überwölbte, mit einem Rauchabzug versehene Küchensituation, die zwar nachträglich eingebracht, aber noch längere Zeit im Mittelalter benutzt wurde. Vor der Kreuzigungsgruppe wurde nachträglich ein kleines Kellergewölbe eingebaut. Hierbei handelt es sich vermutlich um eine symbolische Heilig-Grabanlage ähnlich jener, in die Jesus Christus wohl nach der Kreuzabnahme gelegt wurde.
