Vom Domkapitel für die geistigen Bedürfnisse der Bürger der Stadt Güstrow gestiftet, wird die Pfarrkirche St. Marien auf dem Markt 1308 das erste Mal urkundlich erwähnt. Anfang des 16. Jahrhundert wurde sie dreimal durch Stadtbrände zerstört bzw. stark in Mitleidenschaft gezogen, aber immer wieder zusammen mit den Häusern der Stadt aufgebaut.
Seit 1533 wurde in der Marienkirche lutherisch gepredigt. 1780 bekam sie den barocken Turmhelm, 1880-1883 wurde sie durch Hofbaurat Daniel grundlegend umgebaut und erhielt die heutige Gestalt als dreischiffige Hallenkirche.
Die Bürger Güstrows statteten ihre Kirche im Laufe der Jahrhunderte großzügig aus. Zu sehen sind eine Pietà (Anfang 1500), eine fünfteilige Triumphkreuzgruppe (1516), der prächtige Wandelaltar (1522) mit 13 Schnitzreliefs von Jan Bormann und sechs Tafelgemälden von Bernaert von Orley sowie das Ratsgestühl von 1599 mit Eichenintarsien.
Zahlreiche Wandleuchter und zwei flämische Kronen wurden von Handwerkern und Bürgern gestiftet. An den Wänden befinden sich verschiedene Epitaphien, die an Bürgermeister und Bürger der Stadt erinnern.
Die Orgel samt Orgelempore wurde 1764 durch den Rostocker Orgelbaumeister Paul Schmidt im barocken Stil in die Kirche hineingebaut.
