Das Kloster Medingen wurde 1241 zuerst im heutigen Altenmedingen gegründet; erst 1336 fand es in dem Ort Zellensen, der seitdem Medingen heißt, seinen heutigen Platz.
Die dort ab dem 14. Jahrhundert errichtete Klosteranlage mit Kirche, Klausur und Wirtschaftsgebäuden wird sicher derjenigen, die heute noch in anderen Lüneburger Klöstern wie Wienhausen oder Ebstorf zu sehen ist, geglichen haben. Ein Merian-Stich aus dem Jahr 1654 lässt dies erkennen. Das Kloster wurde jedoch in der besonders kalten Nacht vom 30. auf den 31. Januar 1781 der nahezu vollständige Raub eines verheerenden Feuers. Wie durch ein Wunder kamen keine Menschen zu Schaden.
Die Kirche mit dem zisterziensischen Dachreiter überstand den Brand zwar weitgehend unbeschadet, wurde aber dennoch abgerissen. Dank einiger erhaltener Zeichnungen und Grundrisse ist ihr Aussehen überliefert. Sie war eine einschiffige Backsteinkirche mit beidseitigem polygonalem Abschluss, an deren Nordseite sich die Kreuzgänge und die Klausur anschlossen. Ähnlich den Klosterkirchen in Isenhagen oder Lüne befand sich im westlichen Teil der Kirche eine Nonnenempore.
Ein Gemälde aus dem 18. Jahrhundert zeigt einen Blick von Süden auf den Eingang zum Kloster. Zu erkennen sind darauf neben der Kirche auch Teile der Konvents- und Wirtschaftsgebäude. Nach dem Brand wurde Kloster Medingen zwischen 1781 und 1788 von dem hannoverschen Landbaumeister Christian Ludwig Ziegler in einzigartiger klassizistischer Architektur neu errichtet. Der Neubau nimmt dabei keinerlei Bezug mehr auf das übliche Schema eines Klosters, sondern präsentiert sich schlossähnlich mit einer von Nord nach Süd ausgerichteten Kirche, die sich genau in der Mitte zwischen den zwei T-förmigen Flügeln mit den Wohnungen für die Konventualinnen angeordnet findet.
Das einzige von der ursprünglichen Klosteranlage erhalten gebliebene Bauwerk des Klosters Medingen im Stil der Backsteingotik ist das nördlich der Anlage gelegene Brauhaus. Der imposante Wirtschaftsbau entstand um 1400 und wurde um 1485 erneuert. Das Gebäude dient heute im Obergeschoss als klösterlicher Veranstaltungsraum. Im Untergeschoß sind noch dem ursprünglichen Zweck dienende Einbauten vorhanden.
