Die Klosterkirche der Franziskaner wurde zwischen 1235 und 1250 nach dem Vorbild der Grabeskirchen des Heiligen Franziskus von Assisi erbaut und ist eine der ältesten Franziskanerkirchen Deutschlands.
Der Bettelorden der Franziskaner kam sehr früh nach Prenzlau, vermutlich zwischen 1240 und 1250. Die Anlage des Klosters lag am nordwestlichen Rand der Altstadt. Die Gebäude des Konventes wurden bis an die Stadtmauer gebaut.
Die Klosterkirche war einer der ersten Bauten die errichtet wurden. Bereits 1253 soll in dieser der Bischof von Kammin, heute Kamień Pomorski in Polen, bestatte worden sein. Die Weihe der Kirche erfolgte allerdings erst 1270. Die schlichte Bettelordenskirche aus Feldstein mit aus Backstein ummauerten Fenster und Türöffnungen wurde erst in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts eingewölbt.
Das Kloster hatte im 15. Jahrhundert wohl eine beachtliche Bibliothek und diente als Ausbildungsort für Kleriker der Kustodie Stettin. Kurz bevor in Prenzlau die Reformation Einzug hielt, wurde das Kloster von den Ordensbrüder vermutlich aufgrund der schlechten wirtschaftlichen Lage aufgegeben.
Danach wechselte die Anlage mehrfach den Besitzer. 1598 wurde die Kirche erneut geweiht und erhielt den Namen Dreifaltigkeitskirche. Fort an nutzte die lutherische Gemeinde den Bau. 1694 wurde sie der vereinten deutsch-französischen reformierten Gemeinde übergeben.
1735 wurden die Klostergebäude abgerissen und nur die Klosterkirche blieb erhalten. Zwischen 1848 und 1865 wurde der Innenraum der Kirche neugestaltet, der Ostgiebel erneuert und ein Glockenturm angesetzt. Um 1970 wurde die Klosterkirche aufgegeben und verfiel zusehends. Erst 1993 begann man mit Sicherungs- und Sanierungsarbeiten und konnte die Kirche 1995 für die Öffentlichkeit wieder freigeben.
